Es herrscht große Verwirrung über die Geschichte dieses Bootes oder sogar seines Namens, aber es scheint, dass der Begriff zwischen dem Ende des 19. und dem Beginn des 20. Jahrhunderts auftauchte.
Seine geografischen Ursprünge liegen irgendwo zwischen dem unteren Mississippi-Tal und den Ozarks, einem Gebiet, das sich heute über vier Bundesstaaten erstreckt und für seine ruhigen Gewässer bekannt ist.
Damals definierte Charles Hallock, Herausgeber von Field and Stream, dieses Boot als "ein Boot mit flachem Boden zum Befahren flacher Gewässer, das einen Fischer oder Jäger, seine Ausrüstung und seinen Hund tragen kann"
Irgendwo zwischen dem Mississippi und den Ozarks
Dank der Reinheit ihrer Gewässer galt die Ozark-Region lange Zeit als perfektes Urlaubsziel für städtische Amerikaner, die zum Angeln, zur Entenjagd oder einfach nur zum Genießen der frischen Luft kamen. Mit der Zeit steigerte der Fischreichtum das Interesse am Angeln und damit auch die Beliebtheit des Jollenboots. Jon-Boote wurden dann für den Transport von Touristen und zum Fischen auf den Wasserstraßen der Region eingesetzt. Mit der Zeit wurde der Name sogar zu "Jon boat (oder johnboat) of the Ozark".
Ursprünglich waren diese Boote ziemlich primitiv und undicht. Um dies auszugleichen, tauchten einige Besitzer ihre Boote ein, wenn sie nicht in Gebrauch waren, um das Holz aufquellen zu lassen und sie wasserdichter zu machen. Ein weiteres Merkmal war das Anzünden eines Holzfeuers in der Mitte des Bootes oder von Fackeln für das nächtliche Fischen.
Eine weitere Aktivität, die mit Jon-Booten verbunden war, war der Süßwassermuschelfang, der zwischen 1890 und 1900 kommerziell betrieben wurde und das Boot ebenfalls populär machte.
Im Laufe der Zeit wurden die Boote modernisiert, Holz wich Metall, dann Aluminium, Glasfaser oder Polypropylen. Die Rümpfe blieben zwar flach oder fast flach, aber sie wurden verbessert, und die Innenausstattung mancher Modelle ist jetzt mit Geräten ausgestattet, auch wenn die Idee immer ist, das Boot so einfach wie möglich zu halten.
